Особо охраняемыми природными территориями являются: биосферные заповедники Сьерра-дель-Росарио и Гуанаакабибес в провинции Пинар-дель-Рио; заповедник Сан-Фелипе (Лос-Индиос) и морской парк Пунта-Франсес на острове Хувентуд; национальный парк Варадеро; природные парки Бахиа-де-Наранхо и Ла-Менсура и Баконао в провинции Ольгин; национальный парк Сьерра-Маэстра в провинцип Сантьяго-де-Куба и парк «Александр Гумбольдт» в провинции Гуантанамо; заповедники Эль-Кабо, Купелль и другие.