Реки Кубы (их насчитывается около 200) в большинстве коротки и немноговодны и не имеют большого хозяйственного значения. Они растекаются от главного водораздела, совпадающего с осевой частью острова. Питание рек преимущественно дождевое. Колебания их уровня соответствуют режиму осадков. 80 % стока приходится на осень. Многие реки порожисты. В карстовых областях встречаются исчезающие и подземные реки. Самая длинная река — Кауто — в горной области юго-востока страны, длиной около 370 километров, — берет начало в горах Сьерра-Маэстра. Она судоходна для небольших судов в нижнем течении на протяжении около 120 километров.

Больших озер на Кубе нет.