До начала колонизации леса покрывали более 50 % территории, ныне — лишь около 10 %, главным образом в горных и заболоченных районах. Благодаря ровному климату и плодородным почвам на Кубе произрастает более 3000 видов тропических плодовых растений и цветов. На влажных красных и красно-коричневых почвах равнин и низких склонов произрастают тропические леса из многочисленных листопадных и вечнозеленых видов, в том числе королевская пальма и пальма кана. На более сухих и каменистых почвах западной (провинция Пинар-дель-Рио), восточной (массив Нипе-Баракоа) частей острова и на острове Хувентуд можно увидеть значительные массивы сосновых лесов. В некоторых более влажных горных районах встречаются леса из красного дерева, гуаякового, кампешевого дерева и цедрелы. Для низменных побережий характерны мангровые заросли. Некоторые районы, например район бассейна реки Кауто, заняты растительностью по типу злаковых саванн. Для районов юго-восточного побережья и некоторых других характерны колючие мелколистные кустарники с примесью кактусов и агав.

В процессе освоения территории были сведены главным образом равнинные леса. При их расчистке некоторые деревья, в том числе королевскую пальму, оставляли нетронутыми, и поэтому современные равнинные ландшафты Кубы внешне напоминают пальмовую саванну. Изображение королевской пальмы входит в национальный герб страны. Свыше 50 % представителей флоры Кубы — эндемики. Среди них некоторые виды орхидей и кактусов.

Кактус «Escobaria cubensis» — очень редкий эндемичный вид — произрастает на юго-восточном побережье Кубы. Это миниатюрное растение, обычно не превышающее в диаметре 3 сантиметра, и цветущего летом светлыми желтовато-зелеными цветками длиной 2 сантиметра. Особая гордость Кубы — королевская пальма. Прямая, горделивая, несгибаемая, достигающая 30 метров в высоту, она растет во всех регионах страны и на любой почве. Недаром кубинцы отождествляют себя с этим сильным тропическим деревом, способным пережить штормовые ветра ураганной силы. Ее считают симболом Кубы.

Официальным цветком Кубы является марипоса — цветок семейства имбирных, символизирующий чистоту, непокорность и независимость. Он встречается во влажных дельтах рек и многочисленных лагунах острова, а также — в садах каждого уважающего себя кубинца.

Очень интересным является дерево из семейства лавровых с висячими корнями — хагуэй. На Кубе можно увидеть и пробковую пальму, появившуюся на Земле еще в меловой период. К тому же на острове произрастает 5 видов банановых пальм и много апельсиновых деревьев.